北京大学创于1898年，初名京师大学堂，是第一所国立综合性大学，也是当时中国的最高教育行政机关。辛亥革命后，于1912年改为现名。
作为新文化运动的中心和“五四”运动的策源地，作为中国最早传播马克思主义和民主科学思想的发祥地，作为中国共产党最早的活动基地，北京大学为民族的振兴和解放、国家的建设和发展、社会的文明和进步做出了不可代替的贡献，在中国走向现代化的进程中起到了重要的先锋作用。爱国、进步、民主、科学的传统精神和勤奋、严谨、求实、创新的学风在这里生生不息、代代相传。
1916年，著名教育和民主主义革命家蔡元培出任北京大学校长，他“循思想自由原则、取兼容并包之义”，对北京大学进行了思想解放和学术繁荣，北京大学从此日新月异。陈独秀、李大钊、毛泽东以及鲁迅、胡适等一批杰出人才都曾在北京大学任职或任教。
1937年卢沟桥事变后，北京大学与清华大学、南开大学南迁长沙，共同组成长沙临时大学。1938年初，临时大学迁往昆明，改称国立西南联合大学。西南联大汇聚三校菁华，以刚毅坚卓精神，维系中华教育命脉。抗战胜利后，北京大学返回故园，于1946年10月正式复学。
中华人民共和国成立后，全国高校于1952年进行院系调整，北京大学成为一所以文理基础教学和研究为主的综合性大学，为国家培养了大批人才。据不完全统计，北京大学的校友和教师有近400位两院院士，中国人文社科界有影响的人士相当多也出自北京大学，并且产生了一批重大研究成果。
改革开放以来，北京大学进入了一个前所未有的大发展、大建设的新时期，并成为国家“211工程”重点建设的两所大学之一。
1998年5月4日，北京大学百年校庆之际，国家主席江泽民题词：“发扬北京大学爱国进步民主科学的优良传统为振兴中华做出更大贡献”，并在庆祝北京大学建校一百周年大会上发表讲话，发出了“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”的号召。在国家的支持下，北京大学适时启动“创建世界一流大学计划”，从此，北京大学的历史又翻开了新的一页。
2000年4月3日，北京大学与原北京医科大学合并，组建了新的北京大学。原北京医科大学的前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日。20世纪三、四十年代，学校一度名为北平大学医学院，并于1946年7月并入北京大学。1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离北京大学，独立为北京医学院。1985年成为国家首批“211工程”重点支持的医科大学。
现任校党委书记闵维方教授、校长许智宏院士。
